Предсказание активности низкомолекулярных ингибиторов активации классического пути комплемента методом компьютерного скрининга

С помощью молекулярного докинга оценена свободная энергия связывания низкомолекулярных лигандов с белком первого компонента комплемента C1q in silico. Теоретически рассчитанная константа IC50 позволяет отобрать наиболее перспективные ингибиторы активации комплемента. помощью молекулярного докинга оценена свободная энергия связывания низкомолекулярных лигандов с белком первого компонента комплемента C1q in silico. Теоретически рассчитанная константа IC₅₀ позволяет отобрать наиболее перспективные ингибиторы активации комплемента.

C1q, IgG, низкомолекулярные ингибиторы, компьютерная модель, молекулярный докинг, скрининг

1. Андия-Правдивый, Ю.Э. Исследование механизма ингибирования гемолиза заряженными

2. субстанциями: автореф. дис. … канд. хим. наук : 02.00.10 / Андия-Правдивый Юлиан

3. Энрикевич ; МИТХТ. – Москва, 2004. – 24 с.

4. Буреева, С.В. Синтез и исследование влияния низкомолекулярных отрицательно

5. заряженных веществ на классический путь активации комплемента : автореф. дис. … канд. хим.

6. наук : 02.00.10 / Буреева Светлана Владимировна ; МИТХТ. – Москва, 2005. – 24 с.

7. Structural and functional anatomy of the globular domain of complement protein C1q / U.

8. Kishore, R. Ghai, T. J. Greenhough, A. K. Shrive, D. M. Bonifati, M. G. Gadjeva, P. Waters, M. S.

9. Kojouharova, T. Chakraborty, A. Agrawal // Immunology Lett. – 2004. – Vol. 95. – P. 113–128.

10. The crystal structure of the globular head of complement protein C1q provides a basis for its

11. versatile recognition properties / C. Gaboriaud, J. Juanhuix, A. Gruez, M. Lacroix, C. Darnault, D.

12. Pignol, D. Veger, J. C. Fontecilla-Camps, G. J. Arlaud // J. Biol. Chem. – 2003. – Vol. 278, № 47. – Р.

13. –46982.

14. C1q and tumor necrosis factor superfamily: modularity and versatility / U. Kishore, C.

15. Gaboriaud, P. Waters, A. K. Shrive, T. J. Greenhough, K. B. M. Reid, R. B. Sim, G. J. Arlaud //

16. Trends in Immunology. – 2004. – Vol. 25, №10. – Р. 551–561.

17. Кольман, Я. Наглядная биохимия / Я. Кольман, К.-Г. Рём ; М. : Мир, 2000. – 469 с., ил. –

18. Библиогр.: с. 286–292. – Перевод изд.: Taschenatlas der Biochemie / Jan Koolman and KlausHeinrich

19. Röhm. New York. – 7000 экз. – ISBN 5–03–003304–1 (в пер.).

20. Joseph-McCarthy, D. Computational approaches to structure-based ligand design / D. JosephMcCarthy

21. // Pharmacology & Therapeutics. – 1999. – Vol. 84. – Р. 179–191.

22. Espinoza-Fonseca, L.M. Targeting MDM2 by the small molecule RITA: towards the

23. development of new multi-target drugs against cancer / L. M. Espinoza-Fonseca // Theor. Biol. and

24. Medical Modelling. – 2005. – Vol. 2. – Р. 38.

25. Jenwitheesuk, E. Improved prediction of HIV-1 protease-inhibitor binding energies by

26. molecular dynamics simulations / E. Jenwitheesuk, R. Samudrala // BMC Structural Biology. – 2003.

27. – Vol. 3. – Р. 2.

28. Complement C1q-target proteins recognition is inhibited by electric moment effectors / L. T.

29. Roumenina, S. V. Bureeva, A. Kantardjiev, D. Karlinsky, J. E. Andia-Pravdivy, R. Sim, A. P. Kaplun,

30. M. E. Popov, U. Kishore, B. P. Atanasov // J. Mol. Recognit. – 2007. – Vol. 20. – P. 1–11.

31. Hetenyi, C. Efficient docking of peptides without prior knowledge of the binding site / C.

32. Hetenyi, D. van der Spoel // J. Protein Sci. – 2002. – Vol. 11. – P. 1729–1737.

33. Goodsell, D.S. Automated docking of substrates to proteins by simulated annealing / D. S.

34. Goodsell, A. J. Olson // Proteins: Structure, Function, and Genetics. – 1990. – Vol. 8. – P. 195–202.

35. Distributed automated docking of flexible ligands to proteins: parallel applications of

36. Autodock / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. Huey, A. J. Olson // J. Computer-Aided Mol. Design. –

37. – 2.4. 10. – P. 293–304.

38. Automated docking using Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy

39. function / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. S. Halliday, R. Huey, W. E. Hart, R. K. Belew, A.J. Olson

40. // J. Comp. Chem. – 1998. – Vol. 19. – P. 1639–1662.

41. Лесовая, Е.А. Терапия раковых заболеваний при помощи направленной активации

42. комплемента / Е. А. Лесовая, А. П. Каплун // Росс. биотерапевт. журн. – 2008. – №3. – С. 13–19.