chemicallytechFine Chemical TechnologiesТонкие химические технологии2410-65932686-7575MIREA – Russian Technological University (RTU MIREA).chemicallytech-1398Research ArticleCHEMISTRY AND TECHNOLOGY OF ORGANIC SUBSTANCESХИМИЯ И ТЕХНОЛОГИЯ ОРГАНИЧЕСКИХ ВЕЩЕСТВPrediction of activity of low-molecular inhibitors of the classic complement pathway using computational screening approachПредсказание активности низкомолекулярных ингибиторов активации классического пути комплемента методом компьютерного скринингаКарлинскийД. М.KarlinskyD. M.

кафедра Биотехнологии и нанобиотехнологоии, аспирант

karlinskyd@mail.ruКаплунА. П.KaplunA. P.

кафедра Биотехнологии и нанобиотехнологоии, профессор

noemail@neicon.ruПоповМ. Е.PopovM. E.

старший научный сотрудник

noemail@neicon.ruМИТХТ им. М.В. Ломоносова, 119571, Москва, пр-т Вернадского, д. 86РоссияM.V. Lomonosov Moscow State University of Fine Chemical Technologies, 86, Vernadskogo pr., Moscow 119571Russian FederationИнститут биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАНRussian Federation200928062009435763Copyright © Karlinsky D.M., Kaplun A.P., Popov M.E., 20092009Карлинский Д.М., Каплун А.П., Попов М.Е.Karlinsky D.M., Kaplun A.P., Popov M.E.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.finechem-mirea.ru/jour/article/view/1398

Using the molecular docking we estimated the free energy of binding of low-molecular ligands with the first component of complement protein C1q. The theoretically predicted values of IC50 allow selecting ligands with the highest inhibitory potential for further in vitro experiments

С помощью молекулярного докинга оценена свободная энергия связывания низкомолекулярных лигандов с белком первого компонента комплемента C1q in silico. Теоретически рассчитанная константа IC50 позволяет отобрать наиболее перспективные ингибиторы активации комплемента. помощью молекулярного докинга оценена свободная энергия связывания низкомолекулярных лигандов с белком первого компонента комплемента C1q in silico. Теоретически рассчитанная константа IC50 позволяет отобрать наиболее перспективные ингибиторы активации комплемента.

C1qIgGнизкомолекулярные ингибиторыкомпьютерная модельмолекулярный докингскринингReferencesАндия-Правдивый, Ю.Э. Исследование механизма ингибирования гемолиза заряженнымиАндия-Правдивый, Ю.Э. Исследование механизма ингибирования гемолиза заряженнымисубстанциями: автореф. дис. … канд. хим. наук : 02.00.10 / Андия-Правдивый Юлиансубстанциями: автореф. дис. … канд. хим. наук : 02.00.10 / Андия-Правдивый ЮлианЭнрикевич ; МИТХТ. – Москва, 2004. – 24 с.Энрикевич ; МИТХТ. – Москва, 2004. – 24 с.Буреева, С.В. Синтез и исследование влияния низкомолекулярных отрицательноБуреева, С.В. Синтез и исследование влияния низкомолекулярных отрицательнозаряженных веществ на классический путь активации комплемента : автореф. дис. … канд. хим.заряженных веществ на классический путь активации комплемента : автореф. дис. … канд. хим.наук : 02.00.10 / Буреева Светлана Владимировна ; МИТХТ. – Москва, 2005. – 24 с.наук : 02.00.10 / Буреева Светлана Владимировна ; МИТХТ. – Москва, 2005. – 24 с.Structural and functional anatomy of the globular domain of complement protein C1q / U.Structural and functional anatomy of the globular domain of complement protein C1q / U.Kishore, R. Ghai, T. J. Greenhough, A. K. Shrive, D. M. Bonifati, M. G. Gadjeva, P. Waters, M. S.Kishore, R. Ghai, T. J. Greenhough, A. K. Shrive, D. M. Bonifati, M. G. Gadjeva, P. Waters, M. S.Kojouharova, T. Chakraborty, A. Agrawal // Immunology Lett. – 2004. – Vol. 95. – P. 113–128.Kojouharova, T. Chakraborty, A. Agrawal // Immunology Lett. – 2004. – Vol. 95. – P. 113–128.The crystal structure of the globular head of complement protein C1q provides a basis for itsThe crystal structure of the globular head of complement protein C1q provides a basis for itsversatile recognition properties / C. Gaboriaud, J. Juanhuix, A. Gruez, M. Lacroix, C. Darnault, D.versatile recognition properties / C. Gaboriaud, J. Juanhuix, A. Gruez, M. Lacroix, C. Darnault, D.Pignol, D. Veger, J. C. Fontecilla-Camps, G. J. Arlaud // J. Biol. Chem. – 2003. – Vol. 278, № 47. – Р.Pignol, D. Veger, J. C. Fontecilla-Camps, G. J. Arlaud // J. Biol. Chem. – 2003. – Vol. 278, № 47. – Р.–46982.–46982.C1q and tumor necrosis factor superfamily: modularity and versatility / U. Kishore, C.C1q and tumor necrosis factor superfamily: modularity and versatility / U. Kishore, C.Gaboriaud, P. Waters, A. K. Shrive, T. J. Greenhough, K. B. M. Reid, R. B. Sim, G. J. Arlaud //Gaboriaud, P. Waters, A. K. Shrive, T. J. Greenhough, K. B. M. Reid, R. B. Sim, G. J. Arlaud //Trends in Immunology. – 2004. – Vol. 25, №10. – Р. 551–561.Trends in Immunology. – 2004. – Vol. 25, №10. – Р. 551–561.Кольман, Я. Наглядная биохимия / Я. Кольман, К.-Г. Рём ; М. : Мир, 2000. – 469 с., ил. –Кольман, Я. Наглядная биохимия / Я. Кольман, К.-Г. Рём ; М. : Мир, 2000. – 469 с., ил. –Библиогр.: с. 286–292. – Перевод изд.: Taschenatlas der Biochemie / Jan Koolman and KlausHeinrichБиблиогр.: с. 286–292. – Перевод изд.: Taschenatlas der Biochemie / Jan Koolman and KlausHeinrichRöhm. New York. – 7000 экз. – ISBN 5–03–003304–1 (в пер.).Röhm. New York. – 7000 экз. – ISBN 5–03–003304–1 (в пер.).Joseph-McCarthy, D. Computational approaches to structure-based ligand design / D. JosephMcCarthyJoseph-McCarthy, D. Computational approaches to structure-based ligand design / D. JosephMcCarthy// Pharmacology & Therapeutics. – 1999. – Vol. 84. – Р. 179–191.// Pharmacology & Therapeutics. – 1999. – Vol. 84. – Р. 179–191.Espinoza-Fonseca, L.M. Targeting MDM2 by the small molecule RITA: towards theEspinoza-Fonseca, L.M. Targeting MDM2 by the small molecule RITA: towards thedevelopment of new multi-target drugs against cancer / L. M. Espinoza-Fonseca // Theor. Biol. anddevelopment of new multi-target drugs against cancer / L. M. Espinoza-Fonseca // Theor. Biol. andMedical Modelling. – 2005. – Vol. 2. – Р. 38.Medical Modelling. – 2005. – Vol. 2. – Р. 38.Jenwitheesuk, E. Improved prediction of HIV-1 protease-inhibitor binding energies byJenwitheesuk, E. Improved prediction of HIV-1 protease-inhibitor binding energies bymolecular dynamics simulations / E. Jenwitheesuk, R. Samudrala // BMC Structural Biology. – 2003.molecular dynamics simulations / E. Jenwitheesuk, R. Samudrala // BMC Structural Biology. – 2003.– Vol. 3. – Р. 2.– Vol. 3. – Р. 2.Complement C1q-target proteins recognition is inhibited by electric moment effectors / L. T.Complement C1q-target proteins recognition is inhibited by electric moment effectors / L. T.Roumenina, S. V. Bureeva, A. Kantardjiev, D. Karlinsky, J. E. Andia-Pravdivy, R. Sim, A. P. Kaplun,Roumenina, S. V. Bureeva, A. Kantardjiev, D. Karlinsky, J. E. Andia-Pravdivy, R. Sim, A. P. Kaplun,M. E. Popov, U. Kishore, B. P. Atanasov // J. Mol. Recognit. – 2007. – Vol. 20. – P. 1–11.M. E. Popov, U. Kishore, B. P. Atanasov // J. Mol. Recognit. – 2007. – Vol. 20. – P. 1–11.Hetenyi, C. Efficient docking of peptides without prior knowledge of the binding site / C.Hetenyi, C. Efficient docking of peptides without prior knowledge of the binding site / C.Hetenyi, D. van der Spoel // J. Protein Sci. – 2002. – Vol. 11. – P. 1729–1737.Hetenyi, D. van der Spoel // J. Protein Sci. – 2002. – Vol. 11. – P. 1729–1737.Goodsell, D.S. Automated docking of substrates to proteins by simulated annealing / D. S.Goodsell, D.S. Automated docking of substrates to proteins by simulated annealing / D. S.Goodsell, A. J. Olson // Proteins: Structure, Function, and Genetics. – 1990. – Vol. 8. – P. 195–202.Goodsell, A. J. Olson // Proteins: Structure, Function, and Genetics. – 1990. – Vol. 8. – P. 195–202.Distributed automated docking of flexible ligands to proteins: parallel applications ofDistributed automated docking of flexible ligands to proteins: parallel applications ofAutodock / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. Huey, A. J. Olson // J. Computer-Aided Mol. Design. –Autodock / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. Huey, A. J. Olson // J. Computer-Aided Mol. Design. –– 2.4. 10. – P. 293–304.– 2.4. 10. – P. 293–304.Automated docking using Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energyAutomated docking using Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energyfunction / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. S. Halliday, R. Huey, W. E. Hart, R. K. Belew, A.J. Olsonfunction / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. S. Halliday, R. Huey, W. E. Hart, R. K. Belew, A.J. Olson// J. Comp. Chem. – 1998. – Vol. 19. – P. 1639–1662.// J. Comp. Chem. – 1998. – Vol. 19. – P. 1639–1662.Лесовая, Е.А. Терапия раковых заболеваний при помощи направленной активацииЛесовая, Е.А. Терапия раковых заболеваний при помощи направленной активациикомплемента / Е. А. Лесовая, А. П. Каплун // Росс. биотерапевт. журн. – 2008. – №3. – С. 13–19.комплемента / Е. А. Лесовая, А. П. Каплун // Росс. биотерапевт. журн. – 2008. – №3. – С. 13–19.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.